On ne trouve pas vraiment de traces d’habitat dense dans la vallée de l’Amou Daria avant l’âge du bronze ; ce qui est un peu surprenant car la vallée du Balkhab, dans les contreforts Nord de l’Hindou Kouch, abrite des grottes contenant des niveaux culturels datant du Ve et du IVemillénaire av J.-C. Des groupes utilisant des poteries grossières et des objets de bronze, éleveurs de moutons et de chèvres, pasteurs nomades certainement, semblent les utiliser comme centre saisonniers. Ils fabriquent également de façon précoce des objets en alliage d’étain et de cuivre. On trouve la même chose au Badakhshan au IIIe millénaire.
Dans le sud de l’Afghanistan, le Sistan et la vallée du Helmand étaient des régions propices aux installations humaines. On a trouvé quelques sites habités à cette époque, mais relativement peu par rapport à ce que l’on pouvait attendre. La vallée du Helmand en elle-même n’a pas livré de site important. Le plus impressionnant se trouve sur un de ses affluents et a été fouillé par une équipe franco-afghane à partir des années 1950. Il s’agit du site de Mundigak, à une cinquantaine de kilomètres au Nord de Kandahar. Les torrents qui descendent des collines (et qui devaient être plus nombreux et plus réguliers à cette époque) offraient des conditions idéales pour l’agriculture et étaient riches en cuivre, un métal recherché par les populations de l’époque. Les premiers habitants du site connaissaient l’agriculture et les outils de métal, ce qui explique leur installation dans cette région et en particulier sur le site. Un village s’est installé dès la première moitié du IVe millénaire, il est formé de structures rectangulaires en briques de terre, avec parfois des fours. A la fin du IVe millénaire des habitations à plusieurs pièces apparaissent. Au même moment, ils commencent à faire des alliages cuivre-étain, cultivent le blé, élèvent des moutons, des chèvres et des bovins. La poterie est très variée, reliée à celle pré-harappéenne, mais aussi à celle du Turkménistan, de plus ils utilisent du Lapis-lazuli du Badakhshan, de l’ivoire indien, et des turquoises d’Asie centrale (Kyzyl Koum). La multiplicité des influences étrangères montre que ces communautés avaient donc des relations commerciales et culturelles avec de nombreuses autres en Iran, dans la vallée de l’Indus ou en Asie centrale. Toute la préhistoire afghane est marquée par ce rôle de trait d’union entre grandes civilisations urbaines.